تقوم وحدة التحليل الاستراتيجي بالتركيز على ثلاثة مجالات هامة على الصعيد الوطني: السياسة الخارجية، الأمن الوطني، والمفاوضات الفلسطينية - الإسرائيلية. احد الاهتمامات، هي العلاقة بين فلسطين وإسرائيل. وتتركز موضوعات البحث في هذا السياق على العلاقة الأمنية، ومستقبل العلاقات السياسية والاقتصادية، و الموانع والإعاقات المحتملة لإيجاد سلام دائم، وتطبيق معاهدات السلام، والتحديات المشتركة التي قد تواجه الشعبين. أما برنامج المفاوضات الفلسطينية - الإسرائيلية فيتضمن إعداد الأوراق البحثية، وأوراق عمل سياسية، وعقد اللقاءات المشتركة بين الأكاديميين وصناع القرار والخبراء والبرلمانيين وقادة الأحزاب السياسية بهدف دراسة الموضوعات المطروحة على أجندة مفاوضات الوضع النهائي.
تقدير الموقف:
- مائة يوم على رئاسة محمود عباس: بأي اتجاه تسير الأمور؟ - نيسان (إبريل) 2005 - د.خليل الشقاقي
- الانتخابات الفلسطينية القادمة ومستقبل القيادة الانتقالية - - تشرين الثاني (نوفمبر) 2004 - د. خليل الشقاقي
- مجلس الأمن القومي: - مؤسسة غير فاعلة وغير دستورية ويجب حلها - حزيران (يونيو) 2004 - د. خليل الشقاقي
- الانتخابات السياسية العامة: - كاستراتيجية خروج من الأزمة - آذار (مارس) 2004 - د. خليل الشقاقي
- الانسحاب الإسرائيلي من غزة: - دوافعه والتحديات التي يشكلها للسلطة الفلسطينية - شباط (فبراير) 2004 - د. خليل الشقاقي
- ماذا نريد من اللجنة الدولية لتقصي الحقائق - مقر المركز 4 كانون الأول (ديسمبر) 2000